TCGA癌症临床资料资源全面介绍---癌症研究领域的全谱！

2006年，帕金森氏症遗传物质三幅谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）原计划以多形适度胶质母线粒体糙（GBM）、肠胃点状线粒体肿瘤（LUSC）和卵巢胶体适度囊腺肿瘤（OV）开始两星期3年的重点概念设计概念设计，2009年~2015年全面适度展开。到概念设计上半年，TCGA局域网研究成果工不作者已描绘了33种帕金森氏症多种类型10,000余唯眼疾变的化学键有所不同之处，并界定了很多化学键甲型。TCGA涵盖的临床极为重要有所不同之处推选格众所周知的信息得来。为保证自始确用到这些不具遗传物质有所不同之处的海量临床信息，最近TCGA完成一批重大成果，发表格在CellPress子公司的期刊。

本文对4同年5日发表格Cell上的一文同步进行编译。文章总结以OS（总猎食期）、PFI（无进展有数隔）、DFI（生有数隔）和DSS（营养不良相关生存）为四个主要临床结果起点的TCGA蓝绿帕金森氏症临床信息森林资源（TCGA-CDR）规格化信息库，并证明了了每种帕金森氏症多种类型的起点用到劝告。TCGA临床信息可从遗传物质信息共约享空有数（GDC）门户网站下载，所有的化学键信息在下载。临床信息和化学键信息用到举例来说的标识内部结构，便于眼疾变的临床详细资料和比对化学键信息为基础。

TCGA蓝绿肿瘤信息库缓冲区有所不同之处

三幅1A为临床信息为基础和量化方法有及4个主要临床起点衍生和高风险评估的三幅表,对33份初始申请和97份近期信息文件，共约33种帕金森氏症多种类型111,60唯帕金森氏症眼疾变的详细资料同步进行了检视。表格1为每个TCGA缓冲区的基本有所不同之处。按原发比对根据化学键有所不同之处选入每个缓冲区，皮肤上黑色素糙（SKCM）的原发和转回灶两种多种类型都有，其它极多于数的原发与转回多种类型也有研究成果。

三幅1. 临床信息为基础和量化方法有及4个主要临床起点衍生和高风险评估三幅表

表格1. TCGA 蓝绿肿瘤缓冲区有所不同之处

临床结果起点OS、PFI、DFI和DSS

总猎食期（OS）很来得进一步，优点是界定OS意外事件时模糊适度下限。但用到OS不作起点意味著强化临床研究成果，因为非肿瘤至死因这不能反映出生态学、摧残适度或对疗程缓解。用到OS或即可来得长的随访小时；很多临床试验中所，通常选用比起随访小时来得长的DFI或PFI。针对现有TCGA临床信息，要预见比如说临床随访有数隔在摧残适度帕金森氏症多种类型结果的来得进一步适度，因为意味著几年内就掩蔽到临床意外事件，在至死亡者从前已经常出现眼疾情入院或进展。对摧残适度较弱的帕金森氏症多种类型，眼疾变在数十乃至几十年后入院，随访期有数意味著不会掩蔽足够意外事件以支用者者可信结果供假定。该量化的目的是健康检查TCGA蓝绿肿瘤临床检测的比起恶性竞争者和不算少，指导工不作今后的量化和能避免随访小时段不算少等缺陷。

量化全部TCGA临床信息后，假设如下：在信息可获时，OS、PFI及DFI比起精准，但多数意味著必需估计DSS。三幅1B为33种有所不同帕金森氏症多种类型的OS K-M圆弧。尽管猎食量化不是TCGA主要最大限度，多数帕金森氏症多种类型猎食圆弧与以前高风险评估相同猎食起点的实质上研究成果基本相同，GBM、OV（2008, 2011）和略高于最高级别胶质糙（LGG）（2015）的TCGA结果就是比较好唯证。PFI、DFI和DSS的K-M圆弧见三幅1C–1E。

三幅1 B-E临床信息量化

基于每种帕金森氏症多种类型4个起点的掩蔽小时计算最低随访小时及意外事件或健康检查的中所位小时（表格2）。所有的中所位随访小时为22.1个同年，但有所不同多种类型帕金森氏症该小时相异极大；GBM和急适度髓系白血眼疾（LAML）最短约12个同年，而肺嫌色线粒体肿瘤（KICH）长达约48个同年。

表格2 总体中所位随访小时及4个起点的意外事件与掩蔽中所位小时

提拔用到的临床结果起点

临床结果起点自由选择取决于研究成果最大限度、意外事件使用量、缓冲区不等和结果信息密度。将这些方法有和开发的其它方法有不作为对单个营养不良信息库的检验和必需健康检查，证明了在每种营养不良多种类型中所用到每个结果起点的劝告及原因（表格3）。每种帕金森氏症多种类型的猎食起点即可要至多于通过一个主要检验和必需健康检查才被接受。33种肿瘤中所的13种用到全部4个起点：鼻腔尿路上皮肿瘤（BLCA）、宫颈点状线粒体肿瘤（CESC）、结肠肿瘤（COAD）、食管肿瘤（ESCA）、头颈部点状线粒体肿瘤（HNSC）、肺状线粒体肿瘤（KIRP）、肠胃腺肿瘤（LUAD）、LUSC、OV、胰腺肿瘤（PAAD）、眼疾症（SARC）、小肠腺肿瘤（STAD）和子宫内膜肿瘤（UCEC）。相反，尚未一个起点的有嗜铬线粒体糙和副神经节糙（PCPG）。淋巴结弥漫大B线粒体淋巴结糙（DLBC）、LAML和胸部腺糙（THYM）据估计一个起点；剩余帕金森氏症多种类型2或3个起点，但其中所一些用者保留观点。最可信的是PFI，可无保留地提拔给除LAML（无信息）、DLBC和KICH（小心谨慎用到）和PCPG（不提拔）外的4种。

表格3 起点OS,PFI,DFI及DSS的高风险评估与提拔用到

验证TCGA-CDR及范唯领域

在乳腺肿瘤研究成果中所，雌激素ER阴适度眼疾变临床猎食期结节眼疾比ER+眼疾变来得差。分别用OS、PFI、DFI和DSS相对这两类眼疾变的猎食期（三幅3A–3D；圆弧上半年于10年随访小时，但用到整个信息库同步进行量化）。单状况量化显示，用到PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）不作为临床起点，TCGA中所ER+乳腺肿瘤眼疾变比ER-眼疾变有能够的猎食期，但用到OS时两类眼疾变有数不普遍存在相异(p = 0.097) 。此外，两类眼疾变的DSS（p = 0.009）有很大相异，表格明DSS的潜在效益。以上发现证明了假设了PFI和DFI是特定多种类型乳腺肿瘤化学键研究成果的恰当起点。

三幅3 验证和领域实唯

此外还验证了摧残适度GBM猎食结果起点。TCGA中所GBM中所位OS为12.6个同年，介于此从前另据的规格疗程的12.1个同年和规格疗程为首替莫唑胺的14.6个同年有数。中所位PFI是6.1个同年，介于此从前另据的规格疗程5个同年和规格疗程为首替莫唑胺的6.9个同年有数。显然，TCGA信息库OS和PFI意外事件小时与古书保持一致。再次印证OS和PFI不作为GBM化学键研究成果的临床起点效度。

用Cox数目高风险重生框架确定高期（III、IV期）比起略高于期（I、II期）帕金森氏症眼疾变的高风险比（HR），验证4个起点的TCGA-CDR信息。由于DFI界定与其它结果的界定不保持一致，对提拔用到OS、PFI和DSS的14种多种类型帕金森氏症相对logHR（表格3）。随后据估计对依赖于Cox数目高风险假定的营养不良同步进行统计（三幅3E–3G）。结果表格明，14种多种类型帕金森氏症中所，除有数皮糙（MESO）、PAAD和葡萄膜黑色素糙（UVM）外，高期对比略高于期HR在3个提拔起点OS、PFI及DSS上显着少。选用一对一比对的Wilcoxon秩和检验，当用到PFI与DSS（p = 0.0008）或PFI与OS（p = 0.039）校准时，logHR有很大相异，显示营养不良进展和猎食起点在HR上普遍存在系统偏来得差；OS与DSS有数尚未很大相异（p = 0.106）。对2个logHR值的规格误以为同步进行逆标准差确定Pearson相关系数， 由logHR估计的3种结果有极很大自始相关：PFI和OS相关系数0.96（95%置信区有数[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS为 0.95（95%置信区有数：0.76–0.99），OS和DSS为0.90（95%置信区有数：0.61–0.98）。这些相关适度潜在支用者者临床早期用PFI，后期用OS和DSS好好起点。

除了为基础化学键信息，还为了让量化首次疗程后生眼疾变与非生眼疾变确实经常出现有所不同的新意外事件。TCGA-CDR中所29类帕金森氏症电子邮件用于解决该问题，纳入眼疾变从临床到完成首治并达到生状况至多于生存3个同年。以LUSC为唯，有289唯生眼疾变和41唯近十年非生眼疾变，NTE率分别为21.8%和68.2%。用Cox数目高风险重生框架，发现在非生眼疾变中所NTE高风险很大略高于生眼疾变（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR来得改q值＜0.05）。在另外21种帕金森氏症多种类型中所也有相近结果（表格4）。余下7种中所尚未掩蔽到这些相异。我们也在高风险评估确实每个框架都依赖于数目高风险假定，其中所有两个不符合，即可要研究成果小时依赖性及多数据类型框架来探寻原因。

表格4 非生与生眼疾变NTE发展对比

TCGA从亚洲地区数百个条线路得来眼疾变，为解决临床信息有所不同条线路有数的可比适度，即可慎重考虑信息完整适度、和眼疾变有所不同之处等。对每种营养不良而言，我们对比了从前两名给予眼疾变数最多的有组织相关联条线路（TSS）与所有其它TSS的同种营养不良及4个结果起点（表格5）。

表格5 对来自从前两位TSS的每个帕金森氏症多种类型研究成果结果同步进行相对

对于GBM等来得不具摧残适度的，从前两位TSS（#1和#2）的肠胃癌许多人与其它TSS相比之下相近的有OS、PFI和DSS，因意外事件不算多于难以量化不提拔DFI好好起点。BRCA等较略高于摧残适度，强力提拔用到PFI和DFI，但劝告小心谨慎用OS或DSS高风险评估。TSS #1的临床信息归因于很好的OS和DSS，但尚未掩蔽到PFI相异；另外，表格面上TSS#1有能够的DFI结果，据估计经常出现3唯 DFI意外事件。这种表格里不一的现像表格明该条线路的结果信息即可再进一步高风险评估。另一方面，TSS #2的4个起点结果与其它偏远地区保持一致。

这个有趣的结果相对表格明，当从特定结果量化整体TCGA的临床信息时，即可要慎重考虑TSS的就其电子邮件。由于年岁、分期/分级及疗程等状况冲击有所不同TSS患眼疾许多人的起点结果，TSS可以不作为这些和不完全临床注释等其它尚未校准相异的替代。

潜在的夹杂状况、恶性竞争结果的

高风险及框架假定

对临床猎食起点量化来说，劝告用到所检视的全部临床信息。但相比之下化学键/遗传物质信息的为基础量化，要特别注意两个方面。首先，提拔观点基于时有数延迟猎食框架，以化学键甲型不作预期生物体分为比对集，有意味著摧残结果统计的很大适度相异。因此，从互相关联的TCGA化学键信息或甲型TCGA-CDR结果信息中所证明了的假设即可在实质上的信息库中所再进一步证明了假设。

第二，我们劝告据估计用到原发的化学键信息，因为眼疾变初诊时，来得进一步小时电子邮件等匹配的临床信息已得来比起完整。皮肤上黑色素糙（SKCM）在TCGA多种类型中所非常特殊，470唯中所据估计103唯原发，其余296唯为原发局部肿瘤转回，68唯近端转回。这与很多于得来到转回糙的其它TCGA帕金森氏症多种类型形成鲜明对比。SKCM转回糙很多于不具备匹配的原发，而其它TCGA帕金森氏症多种类型尽管很多于有转回糙，但都不具备匹配的原发比对。因此，对于SKCM结果的相关适度，劝告只用到有限使用量的原肠胃癌变，尽管SCKM肿瘤转回的III期眼疾变可不作为实质上组群同步进行研究成果。

在用到新为基础的TCGA-CDR信息库时，还即可要特别注意：潜在误解状况、恶性竞争结果的高风险及框架假定。

夹杂状况

夹杂状况普遍存在但被也就是说在框架之外时，偏来得差意味著高估或略高于估真实世界。如在乳腺肿瘤的种族相异研究成果中所，黑人与黑人眼疾变有数普遍存在来得进一步的基因表格达相异，然而根据化学键甲型同步进行来得改后，这种相异很大减多于甚至消失。治果也是潜在的夹杂状况，当电子邮件可借助时应适当慎重考虑来得改。疗程意味著时，年岁、就医医院及临床最迟等规格疗程不作为替代电子邮件能减多于部分误以为来得差。对这方面的决断可视化，鼓励用到标志物结节眼疾研究成果劝告统计数据（REMARK）。

恶性竞争结果的高风险

检测DSS、DFI和PFI起点时，要对尚未经历来得进一步意外事件且生的至死亡者眼疾变同步进行审查。在这种意味著，如果假定眼疾变尚未其它至死因，那她/他事与愿违仍意味著至死于帕金森氏症指征。然而，在估计疗程等预期生物体对继发适度帕金森氏症或慢适度眼疾等非指数帕金森氏症至死亡者高风险的预期控制能力时，该假定并不可取。

框架假定

领域Cox数目高风险（PH）框架必需健康检查PH假定。除多于数范唯外，大多数框架都依赖于Cox PH假定，但即可再进一步探索这些病患以找寻违背假定的原因，从而对HR好好出来得准确的估计。尽管现在为清理信息和解决问题付出了巨大共约同努力，但仍普遍存在来得进一步的用到受限制，访问TCGA临床信息都必需了解这些受限制。

首先，TCGA主要是为化学键研究成果设计，以前眼疾变自由选择来自多个机构不具备恰当再生产有组织的尚未疗程原肠胃癌变，因此这些眼疾变不构成连续适度。此外，对于每种有所不同多种类型/研究成果，随访信息尚未统一得来。同时，临床信息得来的一些前提在以前一再随着小时的发生变化而变动。TCGA - CDR不涵盖帕金森氏症疗程史，并非所有眼疾变都被注释。因此，量化特定多种类型或甲型的疗程背景优于概述适度蓝绿肿瘤量化。当眼疾变同步进行就其疗程时，受益能用DFI和PFI起点适当量化。

其次，TCGA比对临床随访根据当地门诊的小时表格，意味著为营养不良或特定各部位的入院和眼疾人来得进一步人类状况的记录，因此尚未TCGA指定的临床随访原计划，据估计证明了概念设计主要强调的化学键有所不同之处。

最后，几乎所有TCGA获的比对和遗传物质及化学键信息来自新诊眼疾变原发的单个烟熏，由此归因于的遗传物质和化学键信息不能在空有数或小时任何方面一致猎捕推选格另一眼疾变结果数据类型的异质适度。该问题不是TCGA有别于的，任何静态原发适度研究成果都普遍存在。

愿景

这项工不作是有史以来第一次全面适度新方法检视TCGA蓝绿肿瘤临床详细资料。由此归因于的TCGA-CDR的结果起点与实质上非TCGA研究成果结果保持一致，指明该森林资源在空从前规模的临床连续适度上给予了脊椎动物观测者新视角。也要预见TCGA-CDR的内在用到局限适度及极为重要适度指导工不作和提拔观点。现在非常明晰，进化营养不良下一代大规模的化学键研究成果必需新方法得来临床眼疾理、疗程和原由意外事件信息，以坚用者最高规格的临床研究成果。尽管有其局限适度，TCGA-CDR给予了规格化信息库，以及清晰的4个临床结果起点假定，并解决了密度问题，从而在蓝绿肿瘤和个体水平上同步进行转成研究成果。下一代信息研究成果的融合将提高结果有数的可比适度，能够地推论和支用者者每一次。

参考详细资料

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics