TCGA帕金森氏症临床数据资源全面介绍---帕金森氏症研究领域的全谱！

2006年，此前列腺乳癌真核生物平面图解（The Cancer Genome Atlas, TCGA）计划以多形性结缔组织母巨噬细胞小儿变（GBM）、膀胱突起巨噬细胞乳癌（LUSC）和卵巢浆液性囊腺乳癌（OV）开始年末3年的试点计划，2009年~2015年全面揭开序幕。到计划截止，TCGA在线研究课题专业人士已描绘了33种此前列腺乳癌并不一定10,000余同上小儿患的骨髓分子可基本特征，并概念了很多骨髓分子可免疫球蛋白。TCGA包含的以外科关键基本特征代注记绿化的试样搜罗。为保障恰巧确适用这些具备真核生物基本特征的高层次以外科试样，除此以外TCGA进行时一批重大成果，发注记在CellPressGroup的期刊。

本文对4同年5日发注记Cell上的一文透过解释器。文中阐述以OS（总猎食期）、PFI（无十分困难间距）、DFI（不止间距）和DSS（小儿症相关存活）为四个主要以外科结果站起的TCGA绿此前列腺乳癌以外科试样资源（TCGA-CDR）规格化试样库，并所述了每种此前列腺乳癌并不一定的站起适用提议。TCGA以外科试样可从真核生物试样共享空间（GDC）人民网流媒体，所有的分子可试样在流媒体。以外科试样和分子可试样适用同样的条码结构，便于小儿患的以外科数据资料和试样分子可试样导入。

TCGA绿乳癌试样库链表基本特征

平面图1A为以外科试样导入和深入研究原理及4个主要以外科站起取而代之创和审核的流程平面图,对33份初始注册和97份后续试样文件，共33种此前列腺乳癌并不一定111,60同上此前列腺乳癌小儿患的数据资料透过了处理过程。注记1为每个TCGA链表的基本基本特征。按原发骨髓试样根据分子可基本特征崭露头角每个链表，黏膜黑色素小儿变（SKCM）的原发和转到粥两种并不一定都有，其它极少数骨髓的原发与转到并不一定也有研究课题。

平面图1. 以外科试样导入和深入研究原理及4个主要以外科站起取而代之创和审核流程平面图

注记1. TCGA 绿乳癌链表基本特征

以外科结果站起OS、PFI、DFI和DSS

总猎食期（OS）很关键，优点是概念OS事件真相时模糊性极低。但适用OS则有站起意味著压制以外科研究课题，因为非乳癌死法不一定能反映出骨髓生物学、摧残性或对化疗减轻。适用OS或需加长的随访间距时间；很多以外科试验中的，通常换用一般来说随访间距时间较短的DFI或PFI。针对现有TCGA以外科试样，要坚信短时以外科随访间距在摧残性此前列腺乳癌并不一定结果的关键性，因为意味著几年内就检视到以外科事件真相，在死亡者此前已显现出小儿情恶化复发或十分困难。对摧残性较弱的此前列腺乳癌并不一定，小儿患在数十乃至几十年后复发，随访之后意味著无法检视足够事件真相以支亦然可信结果供辨别。该深入研究的目地是检查TCGA绿乳癌以外科疗效扫描的一般来说优势和缺乏，指导工作无论如何的深入研究和避免随访间距间距时间缺乏等缺陷。

深入研究全部TCGA以外科试样后，论点如下：在试样可获得时，OS、PFI及DFI一般来说精确，但同样情况下不能估计最大值DSS。平面图1B为33种不同此前列腺乳癌并不一定的OS K-M直线。尽管猎食深入研究不是TCGA主要目标，同样此前列腺乳癌并不一定猎食直线与过去审核相同猎食站起的分立研究课题完全相同，GBM、OV（2008, 2011）和低高级别结缔组织小儿变（LGG）（2015）的TCGA结果就是比较好同上证。PFI、DFI和DSS的K-M直线见平面图1C–1E。

平面图1 B-E以外科试样深入研究

基于每种此前列腺乳癌并不一定4个站起的检视间距时间计算出来高达随访间距时间及事件真相或检查的中的位间距时间（注记2）。所有骨髓的中的位随访间距时间为22.1个同年，但不同并不一定此前列腺乳癌该间距时间相似之处极大；GBM和急性髓系白血小儿（LAML）最短约12个同年，而膀胱嫌色巨噬细胞乳癌（KICH）最长约48个同年。

注记2 整体而言中的位随访间距时间及4个站起的事件真相与检视中的位间距时间

力荐适用的以外科结果站起

以外科结果站起并不需要取决于研究课题目标、事件真相需求量、链表个数和结果试样密度。将这些原理和共同开发的其它原理则有为对单个小儿症试样库的测试和缺少检查，所述在每种小儿症并不一定中的适用每个结果站起的提议及诱因（注记3）。每种此前列腺乳癌并不一定的猎食站起必需至少通过一个主要测试和缺少检查才被给予。33种乳癌中的的13种适用全部4个站起：膀胱尿路上皮乳癌（BLCA）、卵巢突起巨噬细胞乳癌（CESC）、结肠乳癌（COAD）、食管乳癌（ESCA）、黑纹突起巨噬细胞乳癌（HNSC）、膀胱结核巨噬细胞乳癌（KIRP）、膀胱腺乳癌（LUAD）、LUSC、OV、胰腺乳癌（PAAD）、肉小儿变（SARC）、胃腺乳癌（STAD）和子宫内膜乳癌（UCEC）。相反，并未一个站起的有嗜铬巨噬细胞小儿变和副神经节小儿变（PCPG）。内膜骨髓弥漫大B巨噬细胞内膜小儿变（DLBC）、LAML和胸腺小儿变（THYM）大部分一个站起；剩余此前列腺乳癌并不一定2或3个站起，但其中的一些亦然保留观点。最可信的是PFI，可无保留地力荐给除LAML（无试样）、DLBC和KICH（轻率适用）和PCPG（不力荐）以外的4种骨髓。

注记3 站起OS,PFI,DFI及DSS的审核与力荐适用

解析TCGA-CDR及案同上分析原理

在乳腺乳癌研究课题中的，甲状腺素ER单数小儿患以外科猎食期预后比ER+骨髓小儿患差。分别用OS、PFI、DFI和DSS尤其这两类骨髓小儿患的猎食期（平面图3A–3D；直线截止于10年随访间距时间，但适用整个试样库透过深入研究）。单各种因素深入研究推断，适用PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）则有为以外科站起，TCGA中的ER+乳腺乳癌小儿患比ER-小儿患有较好的猎食期，但适用OS时两类小儿患间不存有相似之处(p = 0.097) 。此以外，两类小儿患的DSS（p = 0.009）有很大相似之处，注记明DSS的潜在价最大值。以上发现证实了PFI和DFI是特定并不一定乳腺乳癌分子可研究课题的适宜站起。

平面图3 解析和分析原理实同上

此以外还解析了摧残性GBM猎食结果站起。TCGA中的GBM中的位OS为12.6个同年，介于在此之此前刊文的规格化疗的12.1个同年和规格化疗联合替莫唑胺的14.6个同年间。中的位PFI是6.1个同年，介于在此之此前刊文的规格化疗5个同年和规格化疗联合替莫唑胺的6.9个同年间。显然，TCGA试样库OS和PFI事件真相间距时间与古书赞同。再一印证OS和PFI则有为GBM分子可研究课题的以外科站起效度。

用Cox比同上效用回归数学模型确定高期（III、IV期）一般来说低期（I、II期）此前列腺乳癌小儿患的效用比（HR），解析4个站起的TCGA-CDR试样。由于DFI概念与其它结果的概念不赞同，对力荐适用OS、PFI和DSS的14种并不一定此前列腺乳癌尤其logHR（注记3）。随后大部分对依赖于Cox比同上效用论据的小儿症透过统计分析（平面图3E–3G）。结果注记明，14种并不一定此前列腺乳癌中的，除间皮小儿变（MESO）、PAAD和葡萄膜黑色素小儿变（UVM）以外，高期对比低期HR在3个力荐站起OS、PFI及DSS上明显偏高。换用类推试样的Wilcoxon秩和鉴定，当适用PFI与DSS（p = 0.0008）或PFI与OS（p = 0.039）测量时，logHR有很大相似之处，推断小儿症十分困难和猎食站起在HR上存有该系统偏离；OS与DSS间并未很大相似之处（p = 0.106）。对2个logHR最大值的规格误透过当此加权高达确定Pearson自变量， 由logHR估计最大值的3种结果有极很大恰巧相关：PFI和OS自变量0.96（95%均值[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS为 0.95（95%均值：0.76–0.99），OS和DSS为0.90（95%均值：0.61–0.98）。这些不确定性潜在支亦然以外科早期用PFI，前期用OS和DSS要用站起。

除了导入分子可试样，还在此之后深入研究首次化疗后不止患与非不止患是不是显现出不同的取而代之骨髓事件真相。TCGA-CDR中的29类此前列腺乳癌讯息用于补救该问题，确立小儿患从诊断到进行时首治并达到不止状况至少存活3个同年。以LUSC为同上，有289同上不止患和41同上依然非不止患，NTE率并列21.8%和68.2%。用Cox比同上效用回归数学模型，发现在非不止患中的NTE效用很大极低不止患（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR相应q最大值＜0.05）。在另以外21种此前列腺乳癌并不一定中的也有近似于结果（注记4）。只剩7种骨髓中的并未检视到这些相似之处。我们也在审核是不是每个数学模型都依赖于比同上效用论据，其中的有两个不符合，必需研究课题间距时间依赖及多参数数学模型来寻找诱因。

注记4 非不止与不止患NTE拓展对比

TCGA从全球数百个换乘站搜罗小儿同上，为补救以外科试样不同换乘站间的可比性，需再考虑试样明晰性、骨髓和小儿患基本特征等。对每种小儿症而言，我们对比了此前两名提供小儿同上数最多的的组织缺少换乘站（TSS）与所有其它TSS的同种小儿症及4个结果站起（注记5）。

注记5 对来自此前两位TSS的每个此前列腺乳癌并不一定研究课题结果透过尤其

对于GBM等极具备摧残性的骨髓，此前两位TSS（#1和#2）的发小儿老年人与其它TSS相尤其近似于的有OS、PFI和DSS，因事件真相毕竟少难以深入研究不力荐DFI要用站起。BRCA等较低摧残性骨髓，更进一步力荐适用PFI和DFI，但提议轻率用OS或DSS审核。TSS #1的以外科试样转化成不毕竟好的OS和DSS，但并未检视到PFI相似之处；另以外，注记面上TSS#1有较好的DFI结果，大部分显现出3同上 DFI事件真相。这种注记里不一的现像注记明该换乘站的结果试样需大幅度审核。另一总体，TSS #2的4个站起结果与其它以外赞同。

这个简单的结果尤其注记明，当从特定结果深入研究整体TCGA的以外科试样时，必需再考虑TSS的具备体内容讯息。由于比率、骨髓分期/AO及化疗等各种因素影响不同TSS患小儿老年人的站起结果，TSS可以则有为这些和不显然以外科批注等其它未能测量相似之处的替代。

潜在的混杂各种因素、公平竞争结果的

效用及数学模型论据

对以外科猎食站起深入研究来说，提议适用所处理过程的全部以外科试样。但相尤其分子可/真核生物试样的导入深入研究，要肯定两个总体。首先，力荐观点基于弧猎食数学模型，以分子可免疫球蛋白则有得出q划分试样集，确实冲击结果统计分析的很大性相似之处。因此，从彼此间关联的TCGA分子可试样或骨髓免疫球蛋白TCGA-CDR结果试样中的证明了的论点需在分立的骨髓试样库中的大幅度证实。

第二，我们提议大部分适用原发骨髓的分子可试样，因为小儿患初诊时，关键间距时间讯息等转换的以外科试样已搜罗一般来说明晰。黏膜黑色素小儿变（SKCM）在TCGA骨髓并不一定中的非常特殊，470同上骨髓中的大部分103同上原发骨髓，其余296同上为原发骨髓渐进上皮巨噬细胞转到，68同上终端转到。这与较少搜罗到转到小儿变的其它TCGA此前列腺乳癌并不一定形成自然而然。SKCM转到小儿变较少具备有转换的原发骨髓，而其它TCGA此前列腺乳癌并不一定尽管较少有转到小儿变，但都具备有转换的原发试样。因此，对于SKCM结果的不确定性，提议只适用依赖于需求量的原发小儿同上，尽管SCKM上皮巨噬细胞转到的III期小儿同上可则有为分立组群透过研究课题。

在适用取而代之导入的TCGA-CDR试样库时，还必需肯定：潜在重名各种因素、公平竞争结果的效用及数学模型论据。

混杂各种因素

混杂各种因素存有但被剔除在数学模型值得注意时，偏离意味著高估或低估真实疗效。如在乳腺乳癌的白人相似之处研究课题中的，美国黑人与黑人小儿患间存有关键的基因注记达相似之处，然而根据分子可免疫球蛋白透过相应后，这种相似之处很大减低甚至绝迹。化疗效果也是潜在的混杂各种因素，当讯息可获取时应适当再考虑相应。化疗未能知时，比率、诊治医院及诊断最迟等规格化疗则有为替代讯息能减低部分数值。对这总体的决策建模，鼓励适用骨髓遥相呼应预后研究课题提议报告（REMARK）。

公平竞争结果的效用

测定DSS、DFI和PFI站起时，要对并未亲身经历关键事件真相且不止的死亡者小儿患透过审查。在这种情况下，如果论据小儿患并未其它死法，那她/他最终仍意味著死于此前列腺乳癌指征。然而，在估计最大值化疗等得出q对继发性此前列腺乳癌或心血管小儿症等非指数此前列腺乳癌死亡者效用的得出能力时，该论据并不可取。

数学模型论据

分析原理Cox比同上效用（PH）数学模型才会检查PH论据。除少数案同上以外，大同样数学模型都依赖于Cox PH论据，但需大幅度探索这些受害人以推断出违抗论据的诱因，从而对HR要用出更准确的估计最大值。尽管早就为弃置试样和补救问题付出了巨大坚决不懈，但仍存有关键的适用受到限制，会见TCGA以外科试样都才会了解这些受到限制。

首先，TCGA主要是为分子可研究课题设计，最初小儿同上并不需要来自多个政府机构具备有适宜库存的组织的未能化疗原发小儿同上，因此这些小儿同上不构成某种程度。此以外，对于每种不同骨髓并不一定/研究课题，随访试样并未统一搜罗。同时，以外科试样搜罗的一些规则在过去不得不随着间距时间的发生变化而变动。TCGA - CDR不包含此前列腺乳癌化疗史，并非所有小儿同上都被批注。因此，深入研究特定骨髓并不一定或免疫球蛋白的化疗背景相对于概况性绿乳癌深入研究。当小儿患透过具备体内容化疗时，获益能用DFI和PFI站起有效深入研究。

其次，TCGA试样以外科随访根据当地妇产科的间距时间注记，意味著为小儿症或特定肺脏的复发和小儿人关键生命状况的记录，因此并未TCGA自行决定的以外科随访计划，大部分所述计划主要重申的骨髓分子可基本特征。

仍要，仍然所有TCGA获得的骨髓试样和真核生物及分子可试样来自取而代之诊小儿患原发骨髓的单个外皮，由此转化成的真核生物和分子可试样不能在空间或间距时间任何总体确实捕获代注记另一小儿患结果参数的骨髓异质性。该问题不是TCGA独有的，任何可执行原发性骨髓研究课题都存有。

远景

这项工则有是有史以来第一次全面该系统地处理过程TCGA绿乳癌以外科数据资料。由此转化成的TCGA-CDR的结果站起与分立非TCGA研究课题结果赞同，所述该资源在空此前规模的以外科尺度上提供了生物观测取而代之视角。也要坚信TCGA-CDR的内在适用局限性及关键性指导工作和力荐观点。早就非常明晰，人类所小儿症未能来大规模的分子可研究课题才会该系统地搜罗以外科小儿理、化疗和转归事件真相试样，以坚亦然最高者规格的以外科研究课题。尽管有其局限性，TCGA-CDR提供了规格化试样库，以及清晰的4个以外科结果站起导出，并补救了密度问题，从而在绿乳癌和幼体水平上透过转换成研究课题。未能来试样研究课题的融汇将提高结果间的可比性，较好地解释和支亦然多次重复。

以下内容

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics